根据省政府统一部署，福州市从2005年至2010年,实施闽江流域（福州段）水环境保护规划。规划以水环境污染防治与生态保护为重点，规划范围包括闽江流域（福州段）沿江26个乡镇。

规划主要目标是：至2010年，95％以上的国控和省控断面达到功能区环境质量标准，水功能区达标率在80％以上，集中式饮用水源水质均达到国家Ⅱ类或优于Ⅲ类标准。环保投资指数稳定保持在GDP的2％以上。工业废水排放达标率100％，废水量在1000吨/日以上的企业全部安装在线监测设备，规模以上工业企业基本实现清洁生产。大力发展循环经济，建成福州经济技术开发区和青口汽车城循环经济示范区。畜禽养殖污染治理成果得到巩固，污染防治水平进一步提高。2007年底以前，流域内20％的建制镇建成污水处理设施，2010年底前，流域内所有城市、县城和沿江建制镇都要建成污水处理设施和垃圾无害化处理设施，生活垃圾处理率达到60％以上，福州城区达到70％以上，生活垃圾无害化处理率达到95％。

规划确定的主要水环境保护项目85项。2005年实施的水环境综合整治项目93项，总投资约37亿元，当年投资9.5亿元，包括畜禽养殖污染治理、城市环境基础设施建设、工业污染治理、清洁生产和生态建设项目等。