省政府办公厅转发《关于2006年度闽江流域水环境综合整治计划》，要求年内闽江水环境有比较明显改善，今年闽江流域水环境综合整治，计划投资10.4亿元，重点推进八大工程120个项目。力争全流域省控监测断面水质功能区达标率为90%以上。其中，沙溪和闽江干流南平段分别达80%以上，富屯溪和闽江干流福州段分别达95%以上，城市集中式饮用水源地水质基本达到功能要求。
省政府要求，各地要把整治完成情况和市、县（区）出界断面水质达标情况作为当地政府环保实绩考核的主要内容。要进一步强化执法监管，落实环保行政责任追究制，任何单位和个人不得阻挠、干扰环保正常执法活动。对公众举报而避免了重大环境污染损失的，由所在地政府给予第一举报人50至2000元的奖励。
八大工程120个项目主要是：
一、推进畜禽养殖污染整治工程。今年6月底前流域各市、县（区）要完成辖区禁建区内养殖场搬迁、治理，今年底前流域各市、县（区）政府要制订实施辖区禁建区外养殖场限期治理计划，明年底前完成全流域规模化畜禽养殖场治理。计划投入约1亿元，重点实施福州仓山区、沙县畔溪洛溪流域及三明、南平市畜禽养殖场污染整治等8项工程。
二、推进城镇环保基础设施建设工程。鼓励各种经济成分采取BOT、TOT等形式，积极参与污水、垃圾处理厂及配套管网建设。要制订实施《闽江流域沿岸乡镇垃圾整治规划》。计划投入2.1亿元重点实施福州连坂、沙县、南平、德化污水处理厂等8项城市污水处理项目，投入0.9亿元实施福州红庙岭垃圾焚烧发电厂等11项垃圾处理工程。
三、推进重点水源保护工程。各地要依法完成当地集中式生活饮用水一、二级保护区的整治，各设区市政府2007年底前要完成辖区内建制镇集中式饮用水地表水源保护区的划定。计划投入1.3亿元，重点实施福州西北区水厂水源地、三明东牙溪水源地等10个水源保护项目。
四、推进清洁生产促进工程。坚决淘汰落后生产能力、工艺和产品，大力促进产业结构调整；年内制定工业污染源全面达标方案，分年度实施，从源头治理和控制污染。三明市作为清洁生产试点城市，对成效显著的企业要予以资金扶持和奖励。计划投入2.7亿元，重点实施54项清洁生产和污染治理项目。
五、推进生态功能保障工程。重点推进梯级电站清理整顿、河道畅通、水土流失治理、矿山整顿、生态林保护和自然保护区、生态功能保护区建设，恢复生态功能，维护生态平衡，发挥生态优势。计划投入1.2亿元，重点实施福州南台岛内河整治、连城水土流失治理、德化戴云山自然保护区建设、政和金峰矿业整治等21个项目，并在年内完成青山挂白整治工作。
六、推进循环经济试点工程。建设延平区炉下镇循环经济实验区，合理规划养殖业布局，建立生物质能综合利用模式。建设太平镇南坪溪生态养殖示范点，构建养殖业循环经济发展模式和利用沼气发电的能源综合利用模式。建设马尾生态工业园区，打造电子信息制造业生态产业链、食品加工生态产业链、饲料生态产业链。建设青口汽车生态工业园区，促进龙头企业及上下游产业链的修补、拓展和延伸。建设三钢集团生态工业园区，改善环境质量。在德化县开展循环经济试点，发展县域经济，保持闽江上游良好生态环境。
七、推进生态农业示范工程。抓好现有国家级和省级生态农业试点（示范）县建设，发展无公害食品、绿色食品和有机食品，优先在自然保护区、生态示范区、可持续发展试验区、生态农业试点（示范）县推广培育和发展有机食品基地，推动农业、农村经济与生态环境保护的协调发展。计划投入0.3亿元，实施永泰县同安镇有机茶基地、南平市农村沼气池工程等10个项目。
八、推进环境管理能力建设工程。抓好流域市、县自动监测监控分中心建设，制定重点工业企业在线监测监控系统建设计划。2007年底前，COD、氨氮、总磷等主要污染物负荷占所在设区市相应污染负荷60%以上的重点工业污染企业都要安装在线监测监控设备并与省、市监控中心联网。加强相关技术研究，重点实施5个项目，提高环境科研支撑能力。