为推动流域整治和总量减排工作，10月12日，福建省环保厅发出通知，要求加强排放废水的重点工业污染行业排污许可证管理工作，并将组织全面开展造纸、纺织印染、制干革、化工、食品、电镀和制药等排放废水的重点工业污染行业专项整治工作。
根据摸底调查，造纸、纺织印染、制革、化工、食品、电镀和制药等7个行业，在排污许可证管理方面，普通存在无证排污和许可证限定的污染物种类未涵盖行业特征污染物、只有排放浓度限制没有排放总量限制等问题。
为切实规范排污许可证管理，通知要求，排污许可证或临时排污许可证必须对排污单位允许排放污染物的种类、排放浓度、排放总量及排放方式、排放时间、排放去向、排污口数量与位置等作出限定。限定的污染物种类必须包括国家和地方环保部门统一要求确定的重点污染物种类，以及相应行业的特征污染物种类。排污许可证或临时排污许可证的发放、变更、吊销，应及时予以公告，接受群众的监督。
对已办理环评审批并验收的企业，核发排污许可证，有效期最长不超过3年。对已核发排污许可证的企业，应该对许可证限定的污染物种类是否全面，相关要求是否全部明确。对不符合要求的，应限期换发。发各行业现有企业排污许可证的发放或换发工作必须于
对已办理环评审批，但未验收需进行试生产的企业，核发临时排污许可证，有效期三个月；对试生产超过三个月需申请延期的，根据企业的申请和有效的监测报告办理延期，但有效期最长不超过一年（含前三个月）。对完成环保验收的根据验收情况核发排污许可证。验收监测的污染物种类必须包括国家和地方环保部门统一要求确定的重点污染物种类，以及相应行业的特征污染物种类（有些企业的环评的环评批复没有对行业特征污染物作出规定，在验收时必须监测，在核发排污许可证时必须作出限定）。
对未办理环评审批的企业，一律不得发放排污许可证或临时排污许可证，同时应依法责令其立即停止生产并处罚款，限期补办环评审批手续。各级环保部门在审批环境影响报告书（表）时，批复的污染物种类必须包括国家和地方环保部门统一要求确定的重点污染物种类，以及相应行业的特征污染物种类。
通知强调，要加强排污许可证和临时排污许可证发放后的日常监督管理，做好年审和换证工作。对未申请或未按排污许可证排污许可证规定的内容排污的，责令限期改正，并处五万元以下罚款；情节严重的，可暂扣或吊销排污许可证或临时排污许可证。