福州市政府办公厅下达的《福州市“国家环保模范城市”三年持续改进计划》、《福州市“国家环保模范城市”三年持续改进计划2005年各县（市）区政府、市直部门分解任务》中，有关福州市水环境综合整治计划初步预算投资为21.78亿元，具体安排如下：
一、进一步提高城市污水处理率，争取实现我市城市生活污水处理率大于70%的目标。
（一）建设金山污水处理厂（5万吨/日）及污水管网系统，投资0.8亿元，2005年底进水量达2万吨。
（二）扩建祥坂污水处理厂，增容2.5万吨/日，投资0.2亿元，于2005年底竣工投运。
（三）建设甘洪路污水管网工程，污水接入祥坂污水处理厂处理，投资0.32亿元，2005年底建成。
（四）争取开工建设连坂污水处理厂，设计规模15万吨/日，投资2.42亿元，采用BOT形式融资，2009年建成。
（五）争取开工建设连坂污水处理厂外接污水管网，建设总长度111公里，中途泵站4座，利用亚行贷款投资3.1亿元，2009年建成。
（六）争取开工建设洋里污水处理厂二期工程，规模10万吨/日，投资2.2亿元，2009年建成。
（七）争取开工建设洋里污水处理厂二期外接污水管网，建设总长度136.36公里，利用亚行贷款投资3.4亿元，2009年建成。
（八）对马尾、快安污水处理厂进行技改，确保排放污水达标。
（九）加快城镇污水处理厂等城市环境基础设施建设，其中福清市城关污水处理厂一期6万吨/日，争取2005年底投入运行；长乐市城关污水处理厂一期5万吨/日，争取2005年底建成；永泰县城镇污水处理厂2005年通过国家验收；闽候县城关污水处理厂争取在2006年开工；闽清县、连江县、罗源县、平潭县加快城镇污水处理厂建设。
二、继续整治市区内河水域，持续改善内河水质。
（一）利用亚行贷款，开工整治南台岛13条河道，投资7.64亿元，2008年建成。
（二）修建金山新区内河排涝引水工程，引水河道7条，总长度24.79公里，投资1.65亿元，2005年完成。
（三）依法加强对市区内河、西湖水域的长效管理，加强日常巡查和严格执法，焚止倾倒或排放垃圾、渣土、粪便、油污入河，确保无劣V类水体。
（四）水利部门加强城区内河科学调水工作，改善内河水质。
三、加强饮用水源保护，确保人民群众饮水安全。
（一）根据福建省政府《关于福州市区生活饮用水地表水源保护区划定方案的批复》（闽政文[2002]323号），扩大水源保护区的保护范围。进一步依法加强对原厝、城门、义序、白眉水库、山仔水库、塘坂水库等饮用水源地的监测和日常监督管理，加大对饮用水源地内违法行为的查处力度，清除水源保护区的源染源。鼓楼、仓山、马尾区政府、琅岐经济区管委会的分解任务：确保饮用水源水质达标率达100%；台江区政府的分解任务：分别确保饮用水源水质达到国家标准；福清、长乐市政府的分解任务：确保辖区内集中式饮用水源地饮用水水质达标率保持大于97%；闽侯、连江、罗源、平潭县政府的分解任务：分别确保西区、北区水厂、福州第二水源和三十六脚湖的水源安全。
（二）调整城市饮用水源地，2004年已淘汰龙潭角饮用水源地，2007年以前淘汰鳌峰洲饮用水源地，改用敖江第二水源，争取饮用水源水质达标率100%。
（三）加强对敖江流域水环境整治，确保饮用水源水质安全。
（四）水利部门加强防治水土流失，保护闽江流域水质。
四、加大污染源治理和监管的力度，减轻对水体的污染。
（一）农业部门继续做好市区禁养区畜禽养殖的整治工作。鼓楼区、闽侯县继续监管禁养区内畜禽养殖场的搬迁、取缔。仓山区、晋安区、马尾区和琅岐经济区继续监管禁养区内畜禽养殖场的搬迁、取缔，对保留的畜禽养殖场排污限期治理达标。
（二）农业部门加强合理施用化肥的管理，禁止使用高残留农药，减少农业面源污染。
（三）连江、罗源两县加强对石板材加工业的环境监理，防止石板材废水、废渣污染江河、农田。
（四）医疗卫生部门强化医疗污水处理和管理工作，更新改造陈旧设施，实施排污口规范化整治，确保医疗污水达标排放。
（五）市、县（区）环保部门加强对娱乐、餐饮、商贸等行业排放的污水实施环保监管，查处超标违法污染行为。经营面积在300平方米以上的由市里负责监管；经营面积在300平方米以下的由鼓楼、台江、仓山、晋安、马尾和琅岐负责监管。