《制药工业水污染物排放标准》已于8月1日起开始执行。对于未达标企业，环保部门可以责令其停产整顿，直至企业处理达标。有关人士认为，这将导致制药行业重新洗牌。
环境保护部科技标准司有关负责人在接受记者采访时表示，《制药工业水污染物排放标准》是按照新时期国家环境保护执法和监管工作的要求、结合具体适用行业生产工艺和污染治理技术的特点设置的，标准对现有企业和建设项目分别提出了污染物排放控制要求，并且规定经过一个过渡期后，现有企业要达到与建设项目相同的排放控制要求。国家环保部发布的新的《制药工业水污染物排放标准》对原料药行业的污水排放标准大幅提高，因此，原料药企业若不达标则面临停产整顿。
这位负责人告诉记者，我国原料药和药品制剂生产企业的现状是:数量多、规模小、布局分散，生产过程中原材料投入量大、产出比小、产品附加值较高、污染问题突出。制药工业废水通常具有组成复杂，有机污染物种类多、浓度高、色度深、毒性大等特征。考虑到制药工业废水可能存在某些药物成分等有毒有害物质，排放到水环境中，会对生态环境造成不良影响，在新发布的制药工业污染物排放标准中都选择了急性毒性的废水毒性控制指标，从而能有效地控制有毒有害污染物对环境的影响。他说，新标准覆盖了制药的所有行业和门类，包括提取类制药、中药类制药、生物工程类制药、混装制剂类制药、发酵类制药、化学合成类制药6类。
这位负责人表示: 众多制药类企业面临更加严格的环保标准挑战。新标准中的主要指标均严于美国标准，例如发酵类企业的COD、BOD和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准相接近，其中，COD的排放标准降到了120mg/L，环保门槛足足上调了1倍多。另外，把宽限期由3年改为两年，现有企业必须在2010年7月1日开始实施上述标准。
发酵类和化学合成类药品的企业因其环境污染问题最多、治理难度大，可能在新标准实施后受影响最大。按现行标准，一般发酵类企业污水吨处理费用在3元左右；执行过渡期标准，每吨处理费用就将提高到5～6元；最终达标的成本还将上升。有关专家估计:治污成本可能翻倍，对于一些利润和成本持平的企业，到时可能会难以为继。
发酵类、化学合成类企业和大宗产品的生产厂家受到的影响比较大。大宗产品产量很大，利润又不是很高，因此对成本很敏感，相对的排污、治污费用也比较高。新标准使相关企业成本增加是肯定的，现有的医药企业几乎可以说没有一家能直接达到新标准的。”
平安证券行业首席分析师杜冬松表示:“目前制药企业处理1吨污水的成本大概是7～8元，而如果严格按新标准实施，处理费用可能要达到12～13元/吨，综合成本至少会上升1倍，原料药企业的成本会大幅度的提高，而且两年的缓冲时间相对于制药企业普遍的现状来说还是相当紧的。这些对于制药行业尤其是原料药行业影响是比较大的。”
国家环境保护制药废水污染控制工程技术中心专家、《制药工业水污染物排放标准》主要起草人之一任立人在接受采访时谈到，新标准对行业产生的影响将是十分深远的。一批落后的、低水平重复建设、以牺牲环境为代价和依靠廉价劳动力的超标污染企业将难以生存，只有生产工艺技术先进、有社会责任感的环保达标企业才能获得生存发展的机会。他说，新规将会推动医药产业升级的步伐，推进企业节能减排工作。同时起到保护先进、淘汰落后的作用，行业会面临重新的洗牌。
从整个制药行业的情况看，他认为，对污染严重的化学合成类、发酵类和提取类原料药生产企业影响较大，对产污量较少的制剂类生产企业影响相对小。不过，这也会促使我国医药产业结构从重污染的原料药型向轻污染的制剂型加快调整，弥补我国在医药剂型上开发的软肋。而医药剂型的开发相对容易，生产过程产生的污染少。
对于制药企业应该如何面对新标准的颁布实施，任立人认为，新标准对国内所有制药企业都是一个严峻的挑战，企业应看清当前大的形势，积极面对。