环境污染治理设施运营，是指专门从事污染物处理、处置的社会化有偿服务活动，或者根据双方签订的合同承担他人环境污染治理设施运营管理的有偿服务活动。专业化、社会化、市场化的环境污染治理设施运营，是保证设施运行效果、降低运行成本、保障环境投资效益的有效措施。通过第三方供给委托方有偿的和专业的环保技术及运营服务，达到有效控制污染、降低治理成本、使双方获益的目的。维护环境污染治理设施的正常运行，涉及较为复杂的技术和管理问题，需要具有一定专业技能和管理能力，只有专业化的环保公司，并符合一定条件才能取得环境污染治理设施运营资质证书。
《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》明确规定“推行污染治理工程的设计、施工和运营一体化模式，鼓励排污单位委托专业化公司承担污染治理或设施运营。”《国务院关于加强环境保护重点工作的意见》中提出要“着重发展环保设施社会化运营……等环境服务业。”
当前，我国环境管理正在从以环境污染控制为目标导向，向以环境质量改善为目标导向转变，这对污染防治工作提出了更高的要求。特别是当前污染治理和总量减排给现有的管理制度提出了进一步的要求，要求运营设施更规范、更科学、更有效。随着环保治理设施从“重治理”到“保运行”的转变，加之环境污染治理设施数量剧增，推进专业化、社会化、市场化运营制度，既有利于环保设施达标排放，也有利于环境服务业的发展，是建立污染治理长效机制的重要手段。
《环境污染治理设施运营资质许可管理办法》施行环境污染治理设施运营资质统一监督管理原则。国务院环境保护行政主管部门监督管理资质的审批，制定运营资质分类分级条件，统一现场管理和操作人员岗位培训及考试要求，统一资质证书和岗位培训证书的样式等。省级环境保护行政主管部门负责本行政区域内甲级资质的初审，签署初审意见；负责乙级、临时资质的审批。国务院环境保护行政主管部门负责甲级资质的审批。
运营资质类别在原来基础上增加了有机废物，并将除尘脱硫改为除尘脱硫脱硝。
运营资质等级分为甲级、乙级、临时资质。新《办法》对运营资质的等级划分条件仍然主要考虑反映企业运营能力的企业规模、专业技术能力、运营业绩等指标。新《办法》提高了甲级资质的认定条件，比如注册资金、专业人员数量、业绩规模、检测化验能力等。
新《办法》明确了省级环保部门对乙级资质申请与审批的程序。同时，将正式资质有效期延长至5年，临时资质有效期延长至两年，以利于企业的发展。
新《办法》新增了“第三章运营管理”，包括:运营合同签订、运营方的责任、设施投入运营应具备的条件、项目备案制度、设施运行要求、设施运行评估、运营活动年度考核等。新《办法》强化了对持证单位的年度考核，要求持证单位每年必须对其负责运营的设施及其运行情况进行评估，在此基础上编报设施运营情况年度报告表。
新《办法》规定“县级以上环境保护主管部门应当按照属地管理的原则，将对环境污染治理设施运营活动的管理纳入日常执法监管工作范围，通过书面检查和实地核查等方式，对持证单位的运营活动进行监督检查”。